Marc Emmers a commencé à jouer football en équipe de jeunes au VV Hamont. Très vite, il se faisait recruter par Thor Waterschei. Il fit ses débuts en D1 lors de la saison 1983-1984.

Suite à la relégation de Waterschei, Marc partit au FC Malines, le top absolu en Belgique (et en Europe) à la fin des années 1980. Lors de sa première saisons à Malines, il remporta la Coupe des Vainqueurs de Coupe, et un an plus tard, Malines était sacré champion de Belgique. En 1989, il était élu Joueur Pro de l'année.

Au début des années 1990, beacoup de joueurs du FC Malines partirent pour le grand Anderlecht. Emmers n'allait rejoindre Bruxelles qu'en 1992. Dans une équipe avec Bosman, Rutjes et Boffin, Emmers fut champion de Belgique trois saisons de suite avec Anderlecht. En 1994, il remporta également la Coupe de Belgique.

Lors de la saison 1995-1996, les choses commencèrent à aller moins bien pour Emmers. Il ne jouait pas beaucoup, et ça n'allait pas mieux la saison suivante. Il partit donc en 1997 à l'AC Perugia. Il allait s'agir d'une brève étape puisque Marc termina sa carrière en 1999 au FC Lugano.

En tout, il a porté le maillot des Diables à 37 reprises et a inscrit deux buts pour ses couleurs nationales.