Marc Emmers begon te voetballen bij de jeugd van VV Hamont. Al snel vertrok bij naar Thor Waterschei. Zijn debuut in eerste klasse maakte bij in het seizoen 1983-1984.

Na de degradatie van Waterschei, vertrok Marc naar KV Mechelen, de absolute top van België (en Europa) tijdens het einde van de jaren '80. Zijn eerste seizoen bij Mechelen leverde meteen de Beker der Bekerwinnaars op en een jaar later werd KV Mechelen kampioen van België. In 1989 werd hij Profvoetballer van het Jaar.

Begin jaren 90 vertrokken vele Mechelen spelers naar het grote Anderlecht, maar uiteindelijk zou het tot 1992 duren eer Emmers ook naar Brussel zou vertrekken. Bij Anderlecht werd hij, in een ploeg met onderandere Bosman, Rutjes en Boffin, 3 keer op rij kampioen. In 1994 kwam daar ook nog de Belgische beker.

Tijdens het seizoen 1995-1996 ging het bergaf met Emmers. Hij kwam niet aan spelen toe en ook een jaar later was het niet veel beter. Daarom vertrok hij in 1997 naar AC Perugia. Het zou een korte tussenstop zijn, want Emmers beëindigde zijn loopbaan bij FC Lugano in 1999.

In totaal speelde hij ook 37 keer voor de Rode Duivels. Hij scoorde twee doelpunten.