Babayaro verscheen in 1994 voor het eerst in het Brusselse elftal, nadat hij zijn carrière in zijn thuisland begonnen was bij Plateau United. De jonge snaak had zich in de kijker gespeeld op de Olympische Zomerspelen van 1996 in Atlanta, waar ook zijn broer aan deelnam. In dat jaar won hij ook eveneens de Ebbenhouten Schoen. Naast zijn voetbaltalent, herinneren velen hem om zijn indrukwekkende saltoreeks die hij deed na het scoren van een goal. In 75 partijen, maakte hij als verdediger 8 goals voor paars-wit.

De Nigeriaanse tiener ontpopte zich al gauw tot sterkhouder van Anderlecht en versierde zo een transfer naar het grote Chelsea in 1997. De Engelse club betaalde £2,25 miljoen. Met Chelsea won hij de FA Cup en Charity Shield in 2000, en bereikte hij nog eens de finale van de FA Cup in 2002. Hij had te maken met sterke competitie van Graeme Le Saux gedurende zijn zeven jaar in Chelsea, maar speelde toch meer dan 200 wedstrijden.

Sinds Abramovic voorzitter werd, speelde Babayaro nog amper voor de Londense club. Daarom vertrok hij transfervrij naar Newcastle. In 2003 zette Babayaro een punt achter zijn internationale carrière. Hij speelde zijn laatste WK voor Nigeria in 2002. Zijn comeback in de Africa Cup van 2004 mislukte. In 2007 kwam Babayaro weer even naar België, toen hij met Newcastle won van Zulte Waregem in de UEFA Cup.